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KEGG Pathway分析服務(wù)
作者:admin    發(fā)表時(shí)間:2015-09-23

Pathway分析服務(wù)

KEGG Pathway分析

KEGG網(wǎng)站(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因與基因組百科全書(shū))是一套關(guān)于基因組、酶促途徑以及生物化學(xué)物質(zhì)的在線數(shù)據(jù)庫(kù)。它免費(fèi)提供了基因數(shù)據(jù)庫(kù)、通路數(shù)據(jù)庫(kù)、配體化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)、序列相似性數(shù)據(jù)庫(kù)(SSDB) 、基因表數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白分子相互關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)(BRITE) ,并且開(kāi)發(fā)網(wǎng)頁(yè)和編程的接口。有很多研究者采用 KEGG的數(shù)據(jù)或工具進(jìn)行通路的分析。 KEGG Pathway 分析可以根據(jù)輸入數(shù)據(jù)不同采用兩種不同的方法進(jìn)行分析,如果SWISSRPOT 或者 GeneID 列表可以通數(shù)據(jù)庫(kù)號(hào)轉(zhuǎn)換并對(duì)應(yīng)的方式對(duì)應(yīng)到通路,若來(lái)自Genbank 的序列可以通過(guò)相似性注釋的方式對(duì)應(yīng)到 KEGG Pathway。

Pathway ID

Description

Test

00010

Glycolysis / Gluconeogenesis

13

00020

Citrate cycle (TCA cycle)

9

00051

Fructose and mannose metabolism

8

00190

Oxidative phosphorylation

12

00230

Purine metabolism

7

00240

Pyrimidine metabolism

9

00271

Methionine metabolism

6

 


 
 

KEGG通路顯著性分析

與參照數(shù)據(jù)集比較,計(jì)算Z-score和P value,尋找顯著性富集的通路。

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