KEGG Pathway分析
KEGG網(wǎng)站（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因與基因組百科全書(shū)）是一套關(guān)于基因組、酶促途徑以及生物化學(xué)物質(zhì)的在線數(shù)據(jù)庫(kù)。它免費(fèi)提供了基因數(shù)據(jù)庫(kù)、通路數(shù)據(jù)庫(kù)、配體化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)、序列相似性數(shù)據(jù)庫(kù)（SSDB） 、基因表數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白分子相互關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)（BRITE） ，并且開(kāi)發(fā)網(wǎng)頁(yè)和編程的接口。有很多研究者采用 KEGG的數(shù)據(jù)或工具進(jìn)行通路的分析。 KEGG Pathway 分析可以根據(jù)輸入數(shù)據(jù)不同采用兩種不同的方法進(jìn)行分析，如果SWISSRPOT 或者 GeneID 列表可以通數(shù)據(jù)庫(kù)號(hào)轉(zhuǎn)換并對(duì)應(yīng)的方式對(duì)應(yīng)到通路，若來(lái)自Genbank 的序列可以通過(guò)相似性注釋的方式對(duì)應(yīng)到 KEGG Pathway。
|
Pathway ID |
Description |
Test |
|
00010 |
Glycolysis / Gluconeogenesis |
13 |
|
00020 |
Citrate cycle (TCA cycle) |
9 |
|
00051 |
Fructose and mannose metabolism |
8 |
|
00190 |
Oxidative phosphorylation |
12 |
|
00230 |
Purine metabolism |
7 |
|
00240 |
Pyrimidine metabolism |
9 |
|
00271 |
Methionine metabolism |
6 |
|
… |
… |
… |
KEGG通路顯著性分析
與參照數(shù)據(jù)集比較，計(jì)算Z-score和P value,尋找顯著性富集的通路。
